El fondo manuscrito de la Real Biblioteca está formado por diversas procedencias heterogéneas. A Carlos III debemos la incorporación de manuscritos de lenguas de América reunidos por Celestino Mutis en 1787 y fruto de sus expediciones en el continente americano por iniciativa de este monarca. Del fondo de la biblioteca del conde de Gondomar ingresa, además de una valiosa colección de impresos, una copiosa correspondencia, entre las que destaca la del cardenal Granvela. Otros fondos proceden del Archivo General de Simancas y de la Secretaría de Gracia y Justicia como los manuscritos de Francisco de Zamora, Manuel José de Ayala, Areche y la colección Muñoz, por citar los más representativas.
En esta sección se incluirán progresivamente los manuscritos digitalizados.