El fondo manuscrito de la Real Biblioteca está formado por textos muy diversos. Uno de los más antiguos es el conocido "Libro de horas de Isabel la Católica" aunque en realidad perteneció originalmente a su suegra, Juana. Junto a este hay una pequeña colección de libros de horas bellamente miniados. A Carlos III debemos la incorporación de más manuscritos en una colección donde el libro impreso era el preponderante. Ingresan por tanto, manuscritos de lenguas de América reunidos por Celestino Mutis en 1787, fruto de sus expediciones en el continente americano por iniciativa de este monarca. En época de su hijo, Carlos IV, se incorpora parte de la biblioteca del conde de Gondomar que, además de una valiosa colección de impresos, reúne una copiosa correspondencia, entre las que destaca la del cardenal Granvela. Otros fondos proceden del Archivo General de Simancas y de la Secretaría de Gracia y Justicia como los manuscritos de Francisco de Zamora, Manuel José de Ayala, Areche y la colección Muñoz, por citar los más representativas.
A diferencia de otras bibliotecas no hay muchos textos en otras lenguas en escritura no latina, pero si se cuenta con varios textos persas, entre ellos un extraodinario Shahnameh con ilustraciones evocadoras, algunos manuscritos árabes, así como otros en escritura china sin olvidar por supuesto la griega.
En esta sección se incluirán progresivamente los manuscritos digitalizados.
